Práce na druhej generácii modelu Fiat Ducato sa začali už v roku 1987. Za dizajn tela bol zodpovedný Giorgetto Giugiaro zo spoločnosti Ital Design. Nový Ducato mal byť prielomom v oblasti aerodynamiky úžitkových vozidiel vďaka optimálnemu (v tom čase) zníženiu odporu vzduchu. Efektívnejšia fronta druhej generácie Ducato prispela k výsledku Cx = 0,35, čo bol najlepší výsledok medzi európskymi dodávkami v tom čase. Starý štýl bol po čase úplne opustený. Interné funkčné pomenovanie nového vozidla bolo označenie typu 230.
Druhá generácia Ducato bola prvýkrát predstavená v marci 1994 na ženevskom veľtrhu. O rok neskôr získala talianska dodávka prvé miesto v prestížnej súťaži Van Of The Year. Niektoré konštrukčné riešenia, ktoré fungovali v predchádzajúcej generácii, sa zachovali. Rozhodli sa použiť pohon predných kolies a priečne umiestniť motor. Predné odpruženie je založené na McPhersons, zatiaľ čo zadná časť má pevnú nápravu na parabolických pružinách. Dôraz sa však kládol na vytvorenie mnohých variácií karosérie s rôznymi dĺžkami, výškami a niekoľkými druhmi rázvorov kolies. Namiesto vývoja modelu Fiat Tolento sa jednoducho rozhodlo o vytvorení menšej a kompaktnejšej verzie Ducato II s dĺžkou 4521-5681 mm a rázvorom kolies 2850-3700 mm. Fiat Ducato II bol navrhnutý tak, aby bol modernejší, aerodynamickejší a prispôsobený potrebám najširšej škály zákazníkov. Najbežnejšie boli verzie so vznetovými motormi 1.9D. Na začiatku bola k dispozícii iba jedna verzia benzínového motora 109 HP. V septembri 2000 sa začala výroba Fiat Ducato II v Sete Lagoas v Brazílii.
V roku 2002 bola modernizovaná Fiat Ducato. Okrem úpravy tela na karosérii sa zmenil aj interiér vozidla a rozsah dostupných motorov. Bola to tiež prvá verzia Ducato, ktorá bola v továrni dostupná s jednotkou 4x4. Okrem toho bol vyvinutý rad benzínových motorov. Boli to stále dvojlitrové jednotky, ale boli predstavené verzie poháňané CNG (97 HP) a LPG (109 HP). Interné označenie obnovenej dodávky bolo typu 244. Zmeny boli také veľké, že veľa ľudí považovalo obnovenú verziu za úplne novú generáciu Fiatovej dodávky. Najdôležitejšie prvky vozidla, ako napríklad podvozok, pochádzali z typu 230. Tieto zmeny sa však považujú iba za facelift. Všetky dieselové jednotky, ktoré poháňali Ducato II, boli vybavené vstrekovaním Common Rail. To má vplyv na úroveň zníženia spaľovania a zvýšenie výkonu motora. Najsilnejšia jednotka vygenerovala 146 HP. 15. decembra 2005 spoločnosť oznámila, že bol vyrobený 3 miliónty Fiat Ducato. Tento výsledok prispel k zvýšeniu výroby na 9 vozidiel za deň. Za zmienku stojí, že verzia Ducato II po faceliftingu mala v Brazílii takú popularitu, že sa vyrábala až do roku 2018. Bolo to možné, pretože v Južnej Amerike neexistovali žiadne emisné obmedzenia.
